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patoangolano/README.md

Matheus André Rodrigues Alves Lima

Desenvolvedor Python · Backend, automação e IA aplicada · Bioinformática. Estudante de Análise e Desenvolvimento de Sistemas (Senac-SP). Construo APIs, automações e agentes de IA, e uso essa engenharia em genômica comparativa e biologia computacional.

O que me interessa é a pergunta que ainda não tem resposta medida - e o controle que decide se a resposta é real ou artefato. Vale para um genoma e vale para código gerado por IA.

Python developer (backend, automation, applied AI/LLM agents) and bioinformatics. Open to internship, junior and trainee roles - remote or São Paulo.


Engenharia de software e IA

A engenharia que roda por baixo das análises.

Servidores MCP próprios para os NIMs de biologia da NVIDIA - tratam o 202 + nvcf-reqid do NVCF, validam sequência antes de gastar chamada, gravam estruturas em disco e devolvem só o caminho (um mmCIF inteiro passa de 100 mil tokens). Seis agentes especializados, hooks de proveniência que escrevem o caderno de laboratório sozinhos, e 103 testes sem uma única chamada de rede.

MCP · Claude Code · agentes de IA · Python · Nextflow · pytest · ruff

Campanhas por e-mail, WhatsApp e SMS com fila, limite de taxa e opt-out.

Segmentação por grupos e categorias, templates com variáveis, deduplicação, logs e reprocessamento de falhas. Um webhook (Twilio) recebe as respostas dos contatos; scripts de linha de comando criam grupos, importam contatos e disparam campanhas.

Python · SQLite · Twilio · SMTP · webhooks · CLI

Atendimento no WhatsApp com IA generativa, pronto para subir em VPS.

Fluxo no n8n integrado à Evolution API e ao Google Gemini, com Docker Compose, Nginx, scripts de instalação, backup e deploy, e validação de token no webhook.

n8n · Evolution API · Gemini · Docker · Nginx · Postgres · Redis


Pesquisa em bioinformática

As aves perderam o hardware do dente, não o software.

Os genes de matriz de esmalte não foram deletados do genoma das aves. Estão lá, como pseudogenes, num vão não anotado do cromossomo Z. Localizei ψ-ENAM, ψ-AMBN e ψ-AMELX em Gallus gallus com coordenadas em GRCg7b, e repliquei em quatro ordens de ave mais Struthio e Chrysemys.

O que sustenta o achado são os controles: Alligator e Anolis, que têm dente, dão zero códons de parada internos nos mesmos alinhamentos. As aves dão 24 a 34. E dois candidatos que pareciam bons foram descartados pelo teste recíproco - estão documentados com o motivo.

comparative genomics · pseudogenes · DIAMOND blastx · synteny · NCBI Datasets API

Por que a baleia-da-groenlândia vive 200 anos - e por que não é um gene.

Seis testes independentes eliminaram sequência, número de cópias e arquitetura regulatória. O elefante resolve o paradoxo de Peto com ~20 retrogenes de TP53; a baleia é o dobro do peso dele, vive quatro vezes mais, e tem uma cópia. O domínio RRM da CIRBP é 100% invariante em nove espécies que cobrem de 20 a 211 anos de longevidade máxima.

Os controles validam o método antes da conclusão: proteínas de tradução aparecem como as mais restritas do genoma (ω = 0,041), receptores olfatórios como as mais relaxadas (ω = 0,329) - exatamente o esperado.

dN/dS · orthology · MAFFT · IQ-TREE · de novo transcriptome · scipy


Como eu trabalho

Três regras que saíram de erros meus, e que estão documentadas nos repositórios junto com os erros que as produziram:

  1. Nunca aceitar um resultado negativo sem exigir que o pipeline reencontre um positivo que você já conhece. Um screen de duplicações deu "limpo" porque o mapa de símbolos cobria 56% do proteoma - não porque não havia duplicação.
  2. Ausência na anotação não é ausência no genoma. Pseudogene degenerado some da consulta por símbolo sem ter saído do cromossomo.
  3. Um hit só vira achado depois do teste recíproco. Sintenia correta e E-value bom não bastam: meu melhor candidato a ψ-MMP20 acertava quatro outras MMPs antes da certa.

Uso IA (Claude Code, agentes, MCP) todos os dias para desenvolver - e aplico essas mesmas regras ao código que ela gera: teste antes de confiar, e resultado retirado fica no repositório com a correção ao lado.


Ferramentas

Linguagens Python · SQL · Bash · JavaScript Backend e dados FastAPI · PostgreSQL · Redis · SQLite · APIs REST · JWT · webhooks · pandas IA e automação Claude Code · servidores MCP · agentes · Google Gemini API · n8n · Evolution API · Prefect DevOps Docker · GitHub Actions · Linux (VPS) · Caddy/Nginx · Git Bioinformática Biopython · DIAMOND · BLAST+ · MAFFT · IQ-TREE · samtools · bcftools · bedtools · Ensembl VEP · Nextflow · Snakemake Qualidade pytest · ruff · uv · proveniência estruturada (JSONL)


Contato

São Paulo, Brasil · aberto a remoto, híbrido ou presencial na Grande SP LinkedIn · limatheus458@gmail.com

Procurando estágio, vaga júnior ou trainee em desenvolvimento Python / IA aplicada / dados - com atenção especial a saúde, genômica e biologia computacional.

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  1. archosauria-atavismo archosauria-atavismo Public

    Reliquias dos genes de esmalte no cromossomo Z das aves: coordenadas em seis especies, controles negativos em Alligator e Anolis, e os dois candidatos que o teste reciproco descartou.

    Python

  2. aves-allele-sim-win aves-allele-sim-win Public

    Pipeline Windows‑nativo para preparar VCFs, anotar variantes de Gallus gallus via Ensembl VEP REST, intersectar regiões regulatórias e gerar relatórios.

    Python

  3. bio-stack bio-stack Public

    Stack de bioinformatica e biologia sintetica computacional: servidores MCP proprios para os NIMs da NVIDIA, seis agentes, hooks de proveniencia e 103 testes sem chamada de rede.

    Python

  4. bowhead-longevity-genomics bowhead-longevity-genomics Public

    Genômica comparativa da longevidade da baleia-da-groenlândia: seis testes eliminam sequência, número de cópias e regulação — o mecanismo é dose de CIRBP.

    Python 1

  5. bot-disparos-multicanal bot-disparos-multicanal Public

    Bot de disparos multi-canal (Email, WhatsApp e SMS) com segmentacao por grupos e categorias, templates com variaveis, fila de envio, rate limit, deduplicacao e logs. Inclui webhook para receber res…

    Python

  6. chatbot-whatsapp-ia chatbot-whatsapp-ia Public

    Chatbot WhatsApp com IA (N8N + Evolution API + Gemini) pronto para producao

    Shell